一、禅宗
禅是禅那，汉译为静虑，是静中思虑的意思，一般叫做禅定。此法是将心专注在一法境上一心参究，以期证悟本自心性，谓参禅，故名禅宗。
禅宗传人九华山始于东晋时期。据明嘉靖《池州府志》、《九华山志》记载，东晋隆安五年（401），天竺僧杯渡至九华山化城峰（今九华街）始建茅庵，曰“九华”。又据梁《高僧传·卷十》载：“杯渡（？－426），晋代僧。冀州人。生年、姓名均不详。又作杯度。常乘木杯渡水，故世人以杯渡和尚、杯渡禅师呼之。”
南朝梁天监初年（502），伏虎禅师居九华。次年，梁武帝为其建道场于拾宝岩（莲花峰北）侧，初冠伏虎庵之名。宋僧希坦诗云：“骑驴来果老，伏虎住禅师。”宋太平兴国五年赐额“圆寂寺”。杯渡禅师传禅法于九华，属“雪泥鸿爪”，而伏虎一系传承有嗣，代不乏人，直至寺废僧空。
唐至德初年（756），乡绅诸葛节等建化城寺，请僧地藏居之。僧地藏因而广纳弟子，“本国闻之，相与渡海（来九华），其徒实众。师忧无粮，发石得土，其色青白，不砖如面。夏则食兼土，冬则衣半火。无少长，舍田采薪自给。其众请法以资神，不以食而养命，南方号为枯搞众，莫不宗仰”。从费记来看，僧地藏及其徒众的修行方式，不仅酷似“达摩禅”，并且开亦农亦禅之宗风，在南方产生了广泛深远的影响。从金地藏苦行的方式来看，亦留“三阶教”苦行的痕迹。化城寺当为九华山禅宗祖庭。化城寺禅脉，自僧地藏始，赓续309代。住持相继，每3年多为一代。据2007年发现的古代化城寺最后一位住持之墓志铭记载，步云禅师为化城寺第309代住持，于道光十八年（1838）圆寂。
晚唐时，南（禅）宗传入九华。曾在安禅峰（又名禅师峰）结茅居庵（原为莲花庵，后改为福安院）达50年之久的道济禅师即是南宗门徒。建于唐光启元年（885）的青阳“南禅寺”（后称承天寺），属南宗。同属南宗的还有超永。超永号“无际禅师”，传为致藏法嗣，“传心衣钵”。根据禅宗南宗重在“传衣法”、“心传”、授“无相戒”的特征，超永当属南禅一派。
齐己在《赠九华上人》一诗中写道：“一法传闻继老能，九华闲卧最高层”，“老能”指的是南禅一宗的代表人物老安（658－709）和慧能（638－713），“继老能”，即说明当时九华山一些僧人是属于南宗禅一系的。
唐元和二年（807），悟化禅师由南京栖霞寺观音庵至九华山参学后，在县城东南灵岩（位于今青阳县城东乡光明村境内）结茅，建西竺庵。广明元年（880），其徒宝月改西竺庵为妙峰寺。该寺属临济正宗，从唐代至清光绪间历传76世。“递传宗派蔓延于各郡都邑”。唐代九华后山所建的福海寺，属临济宗禅院，与妙峰寺僧交流频繁，明、清时很多妙峰寺僧选择寂后葬于此寺四周之地；宋代妙峰寺十五世传灯僧祖源居净信寺；明嘉靖年间，妙峰寺二十一世传灯僧圆挥住持广胜寺，史称“广胜派”，此一分支递传临济宗僧235人，直至一七十三世释教处法师止（附：九华山广胜寺临济宗传人谱）。民国时妙峰寺废。
晚唐著名诗人杜荀鹤，青少年读书九华山，进士及第后，战乱频起，复归九华。杜一生之中与僧侣、道士交流甚广，从其诗作中可以看到当时九华山及南方禅宗十分活跃的珍贵史实。如“不计禅兼律，终须人空门”（赠临上人）；“自得巡方道，栖禅老未能”（赠老僧）；“问禅将底说，传印得何心”（和刘评事送海禅和归山）；“禅衣钠后云藏线，夏腊高来雪印眉……有时问着经中事，却道山僧总不知”（题觉禅和）；“患身是幻逢禅主，水洗皮肤语洗心”（送僧赴黄山沐汤泉兼参禅宗长老）；“一教谁云辟二途，律禅禅律智归愚”（空闲二公递以禅律相鄙因而解之）；“眼昏齿落看经遍，却向僧中总不言”（山寺老僧）；“安禅何须劳山水，灭却心头火自凉”（夏日题悟空上人院）。
五代南唐保大年间（943－957），僧人圆证禅居于天香岭南的保真院（原为唐费冠卿归隐之处），在此倡结九华诗社。宋代九华山僧人中有影响者有广宗、玉田、寂祖、云泽、宏济等人。广宗曾为化城寺住持，被尊为冠传禅师。这一时期活跃于九华山诗坛上的名僧有清宿、希坦、寒碧、了机、率庵等，多属禅宗。希坦于宋末禅居净信寺。
南宋时，由于江南地区佛教基础比较雄厚，国家财政又有利于度牒征费及免除税役等作补充，佛教保持了一定的盛况，以迄宋末。这一时期，一些很有影响的禅宗法师也来山传法。如临济宗杨岐派高僧宗杲曾来山传临济宗法。
宗杲为宋代临济宗杨岐派五世高僧。17岁人惠云寺为僧徒。宣和六年（1124）于杭州参拜圆悟法师，顿然悟道。靖康元年（1126），朝廷赐紫衣及“佛日”之号。宋孝宗即位（隆兴元年，即1163年）赐其为“大慧禅师”并御书“妙喜庵”三字赐之。是年，宗杲圆寂。宗杲曾朝礼九华，住化城寺，传临济宗法。清光绪年间《九华山志》记述：宗杲示寂后，九华山僧徒尊其为“定光佛”，即“定光佛”示现，于是铸铁佛像（坐像）供奉（原置化城寺藏经楼，“文化大革命”中被毁），并称：“释氏佛、菩萨皆出西方，惟地藏菩萨为东方新罗国人，惟定光佛为中华宁国县人。”
元代末，有真观和尚（号无象）以临济禅师的身份来山传法，住化城寺，人称“无象禅师”。
明代，皇室对九华山佛教多方扶持，僧人中禅居寺院、着重修持者也甚多，如宗琳、法鉴、福庆、道泰、龙庵、佛智、性莲、德道等人都相继传法阐学于九华。景泰年间（1450－1456），敕封净居寺住持圆慧为“大度禅师”。明末僧人古涧从普陀来九华后，住莲花洞数十年，坚持“一字不立，以棒喝接引禅徒”，立法规，不募化，躬身率徒垦殖，自给衣食。万历间名声大振，阪依者日众，住寺遂成丛林。
此时新建的寺院中，对后世禅宗在九华山的传播产生较大影响的有祇园寺和百岁宫。万历间，僧海玉（字无瑕）从五台山至东崖摩天岭，结茅禅修，居名“摘星庵”。万历一七年（1579），青阳县令苏万民在此建摘星亭。天启三年（1623），海玉圆寂，死后三年肉身不腐，遂装金供奉。崇祯三年（1630）救封为“应身菩萨”。后徒慧广主持戒堂，改名百岁宫。清代成“十方丛林”。百岁宫为九华山禅宗主要寺院之一。现存有传承谱系，从释明雪起，续演二十八字（“常持妙法胜庄严，果证无为道上玄。西来大意修般若，月朗天中振万年”），自成一系，发展为曹洞宗的另一分支。至清末、民国初住持僧月朗被尊为第四十一世传人。清代，九华山佛教以禅宗为盛，其中临济、曹洞二宗相峙，以临济宗占优势。
康熙六年（1667），临济名僧玉琳（通绣）国师朝礼九华，传教说法。受他的影响，其高徒宗衍建的“上禅堂”，洞安建的“甘露庵”（甘露寺前称）均先后成为丛林。咸丰、同治年间（1851一1874），百岁宫住持僧宝悟同江南诸寺的宝初、宝月、宝印等被禅门称为“临济四宝”。清《高僧传》称他们是“弘演化道”，“一时宗匠”。清末，江南禅门“五老”之一的清镕（冶开）、近代高僧虚云等各传禅道于九华，一时宗风大盛。
曹洞一系，入清以来在九华山渐有崛起。释明雪（瑞白）住持聚龙庵，是清初有名的宗师，为曹洞宗云门系第二十八世。光绪年间，祇园寺住持大概是曹洞宗有名的禅宿。其后，释宽慈、宽扬等相继整肃禅规，继续保持“临济宗、曹洞法”的状况。
这一时期，由于朝廷的扶持，加上官府和信徒的捐助，九华山新建和扩建了一批重点寺院，祇园寺、百岁宫、东崖寺、甘露寺等四大禅宗丛林开始形成。比较著名的禅僧有洞庵、明雪、隆山、大根、宝悟等。
洞庵号洞安，少时出家，20岁至九华山受具足戒，得祇园寺第二十九世虎洞义禅师法脉，为祇园寺第三十世洞安灯禅师。住九华山伏虎洞20余年，“默坐石窟，以虎为卫”。清康熙六年（1667）玉琳国师至九华进香，路过“定心石”边，见此地幽篁蔽天，清泉漱石，认为“若构兰若，代有高僧”。洞庵闻说，欣然出洞，遵内师嘱募地建丛林，当时有吴尔俊居士献山，遍山松顶呈降甘露之瑞相，故以“甘露”名庵，开建殿堂。洞安禅师遂为甘露寺开山祖师。池州太守喻成龙，闻其苦行，深加敬礼，两请登堂说戒；洞庵常以斋粥接待云水僧人，十余年如一日。行年八十仍倡率提持，了无倦色。后寂于伏虎洞。
明雪为安徽枞阳人，20岁出家于九华山聚龙庵。后拜澄公和尚为师。《九华旧志》说其“闻钟声乃大悟”。为曹洞宗云门系第二十八世，清初佛教有名的宗匠。
隆山为安徽宣城人，年轻时曾随僧历游五台山、峨眉山、普陀山、桐柏山等佛教圣地。出家后行脚至九华山，禅栖人迹罕至的伏虎洞，修头陀苦行，砍柴种菜，自食其力；闲时诵《法华经》，一念就是20多年。相传，禅师诵经时，有巨蟒盘坐听经；禅师拜佛，巨蟒也跟着磕头。其德行高尚，远近咸称有道。嘉庆年间，祇园寺开始败落，住持乏人。柯吴檀越与诸山长老及僧众礼请隆山法师住持。众望所归，隆山应邀出洞，“新建殿宇，弘扬法道，遂成丛林，为首任方丈”。道光二十一年（1841），禅师自知时至，召众徒告别，并告诫弟子：“严持净戒，毋负余志。”随即端坐而逝。世寿八十四，戒腊六十六。徒众将其装缸，三年后开缸观之，肉身不腐，于是装金供奉。“文化大革命”中肉身被毁。
大根为曹洞宗第四十四世，于光绪年间中兴祇园寺，修整殿宇堂寮，重开戒期，传曹洞法，至民国第四十一七世宽明（附法卷）。
宝悟为浙江嘉兴人，于九华山百岁宫出家。受具足戒后，他“专心毗尼，严持头陀行，兼修定慧”，与当时江南的宝初、宝月、宝印等人齐名，为一时宗匠，号称“四宝”。清《高僧传》称“四宝”与湖北“四明”（朗明、永明、月明、妙明）“皆弘宣化道，辉映南北。咸丰、同治年间，佛法衰而复振，赖此数子”。光绪元年（1875）二月，宝悟于金山寺坐化，年逾七十。临终留渴：“春华锦乡翠玲珑，雪岭高撑映碧空。相悟灵山重一别，归来犹住九华峰。”辛亥革命后，全国范围内的一些寺院遭到不同程度的毁坏。由于九华山远离京城，寺庙虽有兴废，仍保持着佛教名山的格局。稍后，北洋军阀和民国政府的上层人士给予佛教以扶持，九华山佛教又得以振兴。这一时期，百岁宫、东崖禅寺、祇园寺、甘露寺、上禅堂、莲花寺、乐善寺等相继发展成为九华山一七大丛林。值得一提的是，其间，禅宗泰斗虚云曾来山习禅并讲学。
1958年，仁德法师来九华山，住持后山九子寺，先后担任九华山佛教协会副会长兼秘书长、会长等职。1986年在祇园寺荣升方丈。为临济宗第四十五世，先后五次传临济法。
当前九华山比较大的禅宗寺院住持主要都是仁德法师（1926-2001）的徒子和徒孙，徒弟辈有百岁宫的慧庆法师、旃檀林的慧深法师、肉身宝殿的圣富法师、回香阁的慧光法师、甘露寺的藏学法师、祇园寺的道源法师、后山翠峰寺的印刚法师等。像上禅堂的住持果卓法师是慧开法师（安徽省佛教协会执行会长）的弟子，慧开法师也是仁德老和尚的徒弟，而大觉禅寺的宗学法师则是上禅堂果卓法师的徒弟。其它禅宗寺院还有化城寺、慧居寺、天台寺、后山心安禅寺等等。
二、净土宗
净土宗，中国佛教宗派。因专修往生阿弥陀佛净土法门，故名。又称莲宗、白莲社或“远公白莲社”，第一代祖师为慧远，实际创立者为唐代善导。
明代，净土宗已经在九华山传播。据《莲宗九祖传略》记载，明末僧人智旭从24岁出家开始，悉心研究佛教教义，历游江、浙、闽、皖诸地。38岁时，“逮大病几绝，归卧九华，腐滓以为撰，糠秋以为粱，忘形骸，断世故，万虑尽灰，一心无寄。然后知儒、玄、禅、律教诸学之本义”。智旭主张禅教律学皆归净土，提倡净土与地藏法门兼修。居九华山华严庵期间，著有《梵网合注》、《劝持地藏名号》等。清顺治十二年（1655）圆寂于灵峰。后人奉其为净土宗第九祖。
清末，智妙曾随月霞听讲佛学。民国3年（1914）月霞离开九华山翠峰华严道场后，嘱其兼位。他以身作则，开迪僧徒，专志宗教，参以净土。远近士大夫闻声宗仰，或入山求度，或发心供养，络绎不绝。后创建心安寺（又名六亩田），历20年，使心安寺成为远近闻名的四众道场。
民国时期，中闵园一带陆续新建了一批茅庵、精舍，收进了一些比丘尼，结束了唐以后九华山只有和尚没有比丘尼的历史，俗称“闵园尼庵群”。常住于此的比丘尼远离尘世喧嚣，自食其力，持戒精严，专修净土，使闵园成为九华山净土宗传播的集中区域。
新中国成立后，明心曾应九华山仁德法师之邀，于78岁时来山，倡导禅净双修，与宝慈、常勇并称“九华三老”。九华山净土宗代表人物中，比较有影响的还有性妙法师。民国26年（1937），性妙法师朝礼峨眉、普陀后来九华山中闵园香山茅蓬常住，持戒精严，专修净土，60余年未曾下山。90岁时，法师仍天天拜佛，为九华山佛教界公认的当今净土宗大德。
当前九华山的净土宗寺院基本都是尼庵，主要集中在闵园景区，此外在九华街和后山九子岩也都有分布。当然并不是所有的尼庵都是净土宗，比如九华街上的通慧禅林，通慧禅林供奉仁义师太肉身，仁义师太（1911-1995）的皈依师是能海法师，近代显密圆融的著名爱国高僧，曾任中国佛教协会副会长，能海法师是临济宗第44代法脉。
三、华严宗
华严宗，又名贤首宗、法界宗，以《华严经》为根本典籍。
唐代，华严宗已在九华山传播。此时，建有寺院华严禅寺。据元初陈岩《九华诗集·九子庵》诗原注：寺在碧云峰顶，即九子岩顶。
明万历年间，高僧海玉（字无瑕）至九华山，于东崖峰北摩天岭结茅而居。期间，刺舌血拌金粉，历20余年抄就《大方广佛华严经》。明末，当时四高僧之一的智旭于崇祯十年（1637）居华严庵（后改为“华严禅寺”，即今“回香阁”）弘法，潜研华严经义，并在芙蓉阁建华严期（即“华严大会”），宣讲《华严经》，作有《九华芙蓉阁建华严期疏》。
清代，较有影响力的华严宗僧人有月霞。月霞19岁出家，41岁受戒，后云游名山古寺，“弘法数十年”，“以弘阐贤首（华严）宗著称”。
光绪二十四年（1898），九华山东崖禅寺方丈月霞和湖北僧人普照得山下士绅资助，会同印魁、通晓、可安等在翠峰寺举办“华严道场”（又称“翠峰华严大学”），进行僧伽教育。学制3年，教学内容是钻研华严经义。开办时就读的学僧犯名，其中包括后来成为近代名僧的心坚等人。翠峰华严道场的开办受到当时佛教界的高度评价，对九华山华严宗的传播也产生了重大影响。
光绪末年，九华山新建华严宗寺院华严古洞和华严毗卢茅蓬，内供华严三圣及毗卢佛等佛像。此后，华严宗在九华山又有一定程度的传播。民国18年（1929）创办的江南九华佛学院，教学课程设有贤首（华严）学。民国24年（1935），陕西省安康县双溪寺僧人机通（湖北两阳人）至九华山，在山下新建双溪寺，并创办华严道场，讲《华严经》长达9年。
新中国成立后，九华山对华严宗法研习较深的有宽成。宽成，安徽极阳人。清光绪三十二年（1906）至九华山出家，后云游诸名山。1957年，复归九华，住肉身殿，后退居华天寺。研习《华严经》等经书多年。
四、律宗
律宗，着重研习及传持戒律，也称四分律宗、南山律宗或南山宗。
唐代，律宗已传入九华山，但律僧都居于禅寺中，并无专门的寺院。晚唐时，九华山律宗与禅宗门人就两宗的“尊卑高下”进行过辩论，故杜荀鹤诗云：“不计禅兼律，终须入空门。”山中的空、闲二僧拿禅、律相鄙，争执不下，就以书信递给杜荀鹤，请其评判孰优孰劣，杜因而作诗以化解之：“一教谁云辟二途，律禅禅律智归愚。念珠在手霏禅钠，禅钠披肩坏念珠。象外空分空外象，无中有作有中无。有无无有师穷取，山到平来海亦枯。”杜以自己对佛旨的领悟，劝说修习禅、律二宗之僧均不能着“象”；着“象”执“空”，着“空”执“象”，或着“无”执“有”，着“有”执“无”，终归愚痴，皆非中道。
明正统六年（1441），名僧道泰任化城寺住持。道泰精通禅、律，持戒精严，于正统十一年（1446）奉救授北京万寿寺（皇家寺院）戒坛宗师，是明代九华山乃至全国的律宗代表人物。清初，九华山戒坛乏人。安徽巡抚（曾任池州知府）喻成龙亲往浮山（安徽极阳县境内），捐傣登山三请兴斧和尚来九华说法开戒，“始获提倡宗风，敷演戒律”。清末，有僧人圣传至九华山。咸丰初年，应众僧之请，为甘露寺住持。后遍渴名山，参诸“知识”。同治十年（1871），圣传复归九华，在无相寺旧址结茅而居。后得居士资助，殿宇重建，成为丛林，额曰“普济寺”。圣传在普济寺复开坛传戒，宏宣律学，远近闻名。
近代律宗在九华山的传播，当属大厦庵的绍华禅师（1915-1989），绍华禅师是南山律派第16代传人，弘一法师终生弘扬的就是南山律宗。绍华禅师一生医病救人，财施法施广结善缘，1989年圆寂荼毗后留有200余粒五色舍利子。当前九华山的主要佛教宗派是禅宗和净土宗，律宗在九华山的传播已经衰落了。
五、地藏菩萨信仰
地藏菩萨信仰独立于佛教宗派之外，是大乘佛教传承已久、极富特色的菩萨信仰之一。地藏菩萨，或称地藏王菩萨，音译为“乞叉底孽沙”。因其“安忍不动如大地，静虑深密如秘藏”，故名地藏；又因其“久远劫来屡发弘愿”，故也被尊称为大愿地藏王菩萨。
关于地藏菩萨本生事迹，在佛经中有诸多记载，主要见于《地藏菩萨本愿经》、《大乘大集地藏十轮经》和《占察善恶业报经》等佛教经典。
据《地藏菩萨本愿经》讲，有一婆罗门女，“其母信邪，常轻三宝”，不久命终，“魂神堕在无间地狱”。婆罗门女知母在地狱受苦，遂变卖家宅，献钱财供养于佛寺。后受觉华定自在王如来指引，历游地狱，见鬼王无毒，求得母亲得脱地狱，婆罗门女便在自在王如来像前立弘誓愿：“愿我尽未来劫，应有罪苦众生，广设方便，使令解脱。”释迎佛告诉文殊说：“婆罗门女者，即地藏菩萨是。”又说，地藏菩萨曾受释佛的嘱托，要在释迎灭度后、弥勒佛降诞前的卜无佛之世留住世间，教化众生，度脱沉沦于地狱、饿鬼、畜生、阿修罗、人、天诸道中的众生。七地藏受此重托，遂在佛前立下大誓愿：“为是罪苦六道众生广设方便，尽令解脱，成佛道。”《大乘大集地藏十轮经》卷一说：“诸大菩萨所，于万劫中，至心饭依，称名念诵，礼拜供养求诸所愿。不如有人于一食顷，至心板依，称名念诵，礼拜供养地藏菩萨，求诸所愿，悉得满足。”
从上面的记载中，可以看出，地藏菩萨是在“释迎既灭，弥勒（佛）未降生”之间的无佛时代受佛祖嘱托而救度众生的大菩萨，是中国佛教所公认的大愿菩萨，“代佛宣化”使地藏菩萨在佛教中具有特殊重要的地位，是佛菩萨之中最坚固、最宏深、最特殊的誓愿。在唐代译本《瑜伽集要焰口施食仪》中，不空法师首次对地藏菩萨精神的内涵进行了概括和提炼，即“众生度尽，方证菩提；地狱未空，誓不成佛”。但这个概括，只体现了地藏精神中的“大愿”和“渡冥”两个侧重点，并没有涵盖全部实质。故在明清以后，随着地藏信仰义理方面的研究更加深人，有诸多大德高僧提出“孝慈”和“奉献”也是地藏信仰的核心内容，所以“大愿、孝慈、救渡（冥）、奉献”构成了地藏信仰的精髓。地藏信仰之与中国化，带来向善的理念和实践上的社会教化功能，引领着信众趋向弃恶向善的精神境界。这也是中国佛教在唐代以后诸多宗派退出历史舞台，而地藏、观音、普贤、文殊四大菩萨信仰和禅、净二宗传承至今而不衰的原因。
而金地藏被后世视为地藏菩萨应化，则使九华山成为与山西五台山、四川峨眉山、浙江普陀山并列，“居域中四大名山之列”、“至今成大道场”。
据唐费冠卿《九华山化城寺记》载，开元末年，新罗僧地藏至九子山（九华山）中，宴然独坐，苦行修持，一方善信，悉皆宗仰。至德初（约757），山下长老诸葛节等捐款买下“谷中之地”（僧人檀号化城寺址），为僧地藏兴建殿宇，“当殿设释迎文像，左右备饰，次立朱台，挂蒲牢于其中，立门楼以冠其秀，丹素交彩，层层倚空”。建中初年（约781），池州太守张岩，因仰慕地藏僧德，施舍甚厚，并奏请朝廷移旧额“化城”，置于该寺。贞元十年（794），僧地藏圆寂，助日跌石函，3年后体貌如生，异动骨节，若撼金锁。经云：“菩萨钩锁，百骸鸣矣！”僧众视为菩萨示现，又因其俗姓金，尊称“金地藏”，建肉身塔供奉。
宋代，金地藏即是地藏菩萨应化的观点开始出现。至明代，将金地藏认同为地藏菩萨及其应化道场在九华山之说已普遍流行。而明清四大高僧之一的智旭大师，在佛教界曾明白无误地确认金地藏即是地藏菩萨应化，在《复九华常住书》中指出：“九华实地藏慈尊现化地。”嗣后，佛教界持金地藏即是地藏菩萨应化之说更加盛行，各地寺院所设地藏殿（院）中的菩萨造像，均配以闵公、道明二胁侍，地藏坐于独角兽之上，这种范式源于在九华山证道的金地藏。清代及民国重修的《九华山志》序中均有金地藏为地藏菩萨应化、九华山为地藏菩萨道场的叙述。
